Thị trấn cổ này được thành lập bởi người Bồ Đào Nha tên là Cristovao de Barros vào ngày 1 tháng 1 năm 1590 (trong thời gian khi Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha và cả công quốc Napoli đều dưới sự cai trị của vua Felipe II của Tây Ban Nha), là một trong những nơi đầu tiên được thành lập tại Sergipe, khiến nó trở thành đô thị lâu đời thứ 4 ở Brazil. Sự phát triển của thị trấn theo mô hình đô thị Bồ Đào Nha theo hai kế hoạch: thị trấn cao hơn, nơi trụ sở của quyền lực dân sự và tôn giáo; và thị trấn thấp hơn, với các bến cảng, các nhà máy và dân số thu nhập thấp [3].

Năm 1637, nó bị xâm chiếm bởi người Hà Lan, khiến thị trấn hầu như bị phá hủy. Quân đội Tây Ban Nha dưới sự chỉ huy của bá tước Bagnoli, chống trả lại những người Hà Lan. Năm 1645 người Hà Lan đã bị đánh đuỏi khỏi Sergipe, lúc đó, thị trấn chỉ còn là một đống đổ nát.

Vào cuối thế kỷ 17, Sergipe đã được sáp nhập vào Bahia. Năm 1740, São Cristóvão bị xâm lược bởi các cư dân Vila Nova, ở phía bắc Sergipe, nổi loạn chống lại Bồ Đào Nha. Vào giữa thế kỷ 18, thị trấn được xây dựng lại hoàn toàn.Ngày 08 tháng 7 năm 1820, theo nghị định của John VI của Bồ Đào Nha, Sergipe được tách ra, và São Cristóvão được chuyển đổi thành thủ phủ.

Cuối những năm nửa sau thế kỷ 19, các lãnh chúa của các nhà máy dẫn đầu một phong trào với mục đích di chuyển thủ phủ về một vùng khác, nơi có một cảng có khả năng tiếp nhận các tàu lớn hơn để tạo điều kiện thuận lợi cho việc xuất khẩu sản xuất đường, nguồn kinh tế thu nhập chính của thị trấn.

Đây là thủ phủ của bang cho đến ngày 17 tháng 3 năm 1855, khi Inacio Joaquim Barbosa chuyển thủ phủ về thành phố Aracaju. Từ thời điểm đó thị trấn này trải qua một quá trình suy giảm dân số và cuộc khủng hoảng kinh tế nghiêm trọng, mà chỉ có thể được giảm bớt vào đầu thế kỷ 20 với sự ra đời của các nhà máy sản xuất dệt và đường sắt.

Năm 1967, thị trấn được chỉ định là một di tích quốc gia để bảo tồn kiến trúc thuộc địa của nó. Trong số các tòa nhà thiêng liêng quan trọng là: Nhà thờ Giáo hội và tu viện São Francisco (1693), Santa Casa de Misericordia (Tu viện được thành lập thế kỷ 17), Nhà thờ Đức Mẹ Maria (1751), Nhà thờ Giáo hội Đức Mẹ chiến thắng (1766) và một số nhà thờ quan trọng khác được xây dựng từ thế kỷ 18, bao gồm cả Giáo hội, Nhà thờ Giáo hội Đức Mẹ Amparo, và Tu viện São Bento. Bảo tàng Nghệ thuật Thánh của Giáo hội và Tu viện São Francisco, được xem là một trong những công trình quan trọng nhất ở Brazil.